ความไม่ตกลงกันได้ในการตีความหมายของสนธิสัญญาสงบศึกระหว่างพระเจ้าชาลส์และคริสตจักรแห่งสกอตแลนด์ตามมาด้วยความขัดแย้งที่เกิดขึ้น เมื่อพระเจ้าชาร์ลส์ทรงพระประสงค์จะหาเงินทุนเพิ่มขึ้นเพื่อรักษาความสงบในสกอตแลนด์จากรัฐสภาแห่งอังกฤษ พระองค์ก็ทรงเรียกประชุมรัฐสภาในเดือนเมษายน ปี ค.ศ. 1640 แม้ว่าพระเจ้าชาลส์จะทรงยอมยุบภาษีเรือและสภาสามัญชนจะอนุมัติให้เงินทุนในการทำสงคราม แต่สภาและพระองค์ก็ไม่สามารถตกลงกันกันได้ในเรื่องที่รัฐบาลเรียกร้องให้มีการเจรจากันในเรื่องการใช้อำนาจในทางที่ผิดระหว่าง “สมัยการปกครองส่วนพระองค์” ทั้งสองฝ่ายต่างก็ไม่ยอมแก่กัน พระเจ้าชาร์ลส์จึงทรงยุบรัฐสภาในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1640 เพียงไม่ถึงหนึ่งเดือนหลังจากที่ทรงเรียกประชุม รัฐสภานี้จึงเรียกกันว่า “รัฐสภาสั้น”[19]

ขณะเดียวกันพระองค์ก็ทรงโจมตีสกอตแลนด์แต่ก็ทรงพ่ายแพ้อย่างยับเยินในสงครามบิชอปครั้งที่สอง ครั้งนี้ทรงลงนามในสนธิสัญญาริพพอน (Treaty of Ripon) ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1640 สนธิสัญญาระบุให้ทรงจ่ายค่าใช้จ่ายสำหรับกองทหารสกอตแลนด์ที่เพิ่งทรงต่อสู้ด้วย พระเจ้าชาลส์จึงทรงเรียกประชุม “magnum concilium” ซึ่งเป็นการเรียกประชุมองคมนตรีแบบโบราณที่มิได้ทำกันมาเป็นร้อยๆ ปีก่อนหน้านั้น ซึ่งเป็นองคมนตรีที่ประกอบด้วยขุนนางแห่งราชอาณาจักรที่มีหน้าที่เป็นที่ปรึกษาของพระมหากษัตริย์ องคมนตรีก็ถวายคำปรึกษาให้พระองค์เรียกประชุมรัฐสภาอีกครั้ง ซึ่งต่างจากรัฐสภาครั้งก่อนที่มาเรียกกันว่า “รัฐสภายาว”

รัฐสภายาวประชุมครั้งแรกเมื่อเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1640 ภายใต้การนำของจอห์น พิม (John Pym) แต่รัฐสภานี้ก็ยังเป็นรัฐสภาที่เป็นปัญหาแก่พระเจ้าชาร์ลส์พอ ๆ กับรัฐสภาสั้น แม้ว่าสมาชิกสภาสามัญชนจะคิดว่าตนเองเป็นสภาที่สนับสนุนระบบการปกครองโดยกษัตริย์และสถาบันศาสนา และช่วยป้องกันพระเจ้าชาลส์จากการปฏิรูปทางศาสนาและการใช้อำนาจในทางที่ผิดของที่ปรึกษาที่ใกล้ชิดของพระองค์ แต่พระเจ้าชาร์ลส์ไม่ทรงเห็นเช่นนั้นและทรงมีความเห็นว่าสมาชิกสภาเป็นปฏิปักษ์ต่อพระองค์และพยายามบ่อนทำลายพระราชอำนาจ

เพื่อเป็นการป้องกันไม่ให้เกิดการยุบสภาโดยไม่มีการบอกกล่าวแก่สมาชิกขึ้นอีก รัฐสภาอนุมัติจึงพระราชบัญญัติการประชุมสภาสามปีต่อครั้ง (Triennial Act) ในเดือนกุมภาพันธ์ปี ค.ศ. 1641 ที่ระบุว่ารัฐสภาต้องเข้าประชุมร่วมกันอย่างน้อยหนึ่งครั้งทุกสามปีและถ้าสภามิได้รับการเรียกประชุมจากพระมหากษัตริย์ในช่วงระยะเวลานั้น รัฐสภาก็สามารถเรียกประชุมด้วยตนเองได้ ในเดือนพฤษภาคมจอห์น พิมก็ได้เสนอร่างพระราชบัญญัติที่ยิ่งทะเยอทะยานไปกว่าฉบับเดิมที่เสนอว่ารัฐสภาไม่สามารถถูกยุบได้ถ้าไม่รับการอนุมัติจากสมาชิกรัฐสภาเอง หลังจากนั้นพระเจ้าชาลส์ก็ทรงถูกบังคับให้ทรงยอมรับพระราชบัญญัติต่าง ๆ ฉบับแล้วฉบับเล่า เช่นทรงต้องยอมรับร่างพระราชบัญญัติการลงโทษ (Bill of attainder) ที่อนุมัติการประหารชีวิตของทอมัส เวนท์เวิร์ธ เอิร์ลแห่งสตราฟฟอร์ดที่ 1 และอาร์ชบิชอปวิลเลียม ลอด ส่วนภาษีเรือและการเก็บภาษีอื่น ๆ ของพระองค์ถูกประกาศว่าเป็นการกระทำที่ผิดกฎหมาย ศาล “Court of High Commission” และ “Court of Star Chamber” ถูกสั่งยุบ แม้ว่าพระเจ้าชาลส์จะทรงยอมรับข้อเรียกร้องต่าง ๆ ของรัฐสภา แต่สถานะการณ์ทางการทหารของพระองค์ก็เริ่มแข็งแรงขึ้นเมื่อทรงได้รับการสนับสนุนจากสกอตแลนด์หลังจากที่ทรงยอมให้สกอตแลนด์ก่อตั้งรัฐบาลเพรสไบทีเรียนซึ่งทำให้ทรงได้รับการสนับสนุนจากฝ่ายที่ต่อต้านรัฐสภา

ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1641 สภาสามัญอนุมัติบทร้องทุกข์ (Grand Remonstrance) ซึ่งลำดับรายการอันยาวเหยียดที่ร้องทุกข์เรื่องต่าง ๆ ที่เกิดจากการกระทำขององค์มนตรีหลายคนของพระเจ้าชาลส์ที่ใช้อำนาจในทางที่ผิดตั้งแต่ต้นรัชสมัย ความตึงเครียดยิ่งเพิ่มมากขึ้นเมื่อเกิดกบฏไอร์แลนด์ ค.ศ. 1641 (Irish Rebellion of 1641) ซึ่งเป็นการแข็งข้อต่ออำนาจการปกครองของชาวอังกฤษของผู้นับถือนิกายโปรเตสแตนต์ รัฐสภาได้รับข่าวลือทีว่าพระเจ้าชาร์ลส์อาจจะทรงมีส่วนสนับสนุนผู้เป็นกบฏ ซึ่งทำให้รัฐสภาไม่ไว้วางใจเมื่อทรงพยายามรวบรวมกำลังเพื่อปราบกบฏเพราะกลัวว่าจะทรงใช้กองทหารที่ทรงพยายามรวบรวมในทางที่เป็นปรปักษ์ต่อรัฐสภาเองในอนาคต รัฐสภาจึงเสนอร่างพระราชบัญญัติทหารอาสาสมัคร (Militia Bill) เพื่อควบคุมอำนาจในการใช้กองทหารของพระเจ้าชาร์ลส์ แต่พระองค์ไม่ทรงยอมตกลง รัฐสภาจึงออกประกาศ “ปฏิญาณความภักดี” (The Protestation) เพื่อพยายามผ่อนคลายความตึงเครียด โดยการให้สมาชิกลงนามใน “ปฏิญาณความภักดี” ต่อพระเจ้าชาร์ลส์

แต่เมื่อมีข่าวลือว่ารัฐบาลจะสอบสวนพระราชินีเฮนเรียตตา มาเรียพระเจ้าชาร์ลส์ก็ทรงโต้ตอบทันที อาจจะเป็นไปได้ว่าพระราชินีเฮนเรียตตา มาเรียเป็นผู้ยุยงให้พระเจ้าองค์จับสมาชิกสภาสามัญชนห้าคนที่เป็นผู้ต้องสงสัยว่าจะเป็นอันตรายต่อพระเจ้าชาร์ลส์และตั้งข้อหาว่าเป็นกบฏต่อแผ่นดิน แต่สมาชิกสภารู้ข่าวผู้ถูกกล่าวหารู้ตัวเสียก่อนและหลบหนีไปทันก่อนที่พระเจ้าองค์จะเสด็จมา เมื่อพระเจ้าชาร์ลส์ทรงนำกองทหารมาถึงรัฐสภาเมื่อวันที่ 4 มกราคม ค.ศ. 1642 ก็ทรงพบว่าสมาชิกสภาหนีกันไปหมดแล้วยกเว้น โอลิเวอร์ ครอมเวลล์ที่มิได้หนีไปกับผู้อื่นแต่ก็เลี่ยงจากการถูกจับกุมได้ พระเจ้าชาลส์ทรงถามประธานสภา วิลเลียม เลนทาลล์ (William Lenthall) ว่าสมาชิกสภาหลบหนีกันไปไหนซึ่งเล็นทาลล์ให้คำตอบที่เป็นที่รู้จักกันว่า "ขอเดชะ ใต้ฝ่าละอองธุลีพระบาทปกเกล้าปกกระหม่อม ข้าพระพุทธเจ้าไร้ซึ่งทั้งดวงตาและลิ้นเพื่อมองและกล่าวในที่นี้ ทว่า สภาอันข้าพระพุทธเจ้าเป็นข้ารับใช้นั้นได้นำพาข้าพระองค์มานี่ด้วยพระกรุณาธิคุณ" ("May it please your Majesty, I have neither eyes to see nor tongue to speak in this place but as the House is pleased to direct me, whose servant I am here.")[20] ซึ่งเท่ากับว่าเล็นทาลล์ประกาศตนเป็นผู้รับใช้รัฐสภาแทนที่จะเป็นพระมหากษัตริย์

เหตุการณ์ครั้งนี้เป็นวิกฤตกาลที่ทำให้ระบบรัฐบาลของอังกฤษล้มเหลว หลังจากนั้นพระเจ้าชาลส์ก็ไม่ทรงมีความรู้สึกปลอดภัยพอที่จะประทับอยู่ในลอนดอนอีกต่อไปและทรงเริ่มเสด็จหลบหนีไปทางตอนเหนือของอังกฤษเพื่อไปรวบรวมกำลังเพื่อต่อต้านรัฐบาล พระราชินีอ็องเรียต มารีเองก็เสด็จไปแผ่นดินใหญ่ยุโรปเพื่อหาทุนในการทำสงคราม